Pemerintah Indonesia adalah cabang utama pada pemerintahan Indonesia yang menganut sistem presidensial. Pemerintah Indonesia dikepalai oleh seorang presiden yang dibantu beberapa menteri yang tergabung dalam suatu kabinet. Sebelum tahun 2004, sesuai dengan UUD 1945, presiden dipilih oleh Majelis Permusyawaratan Rakyat. Pada Pemilu 2004, untuk pertama kalinya Presiden Indonesia dipilih langsung oleh rakyat.